Эпидемиология, этиология и геномный анализ белка S домена вируса эпидемической диареи свиней в Украине за 2016-2017 годы

Abstract

Выполнен анализ эпизоотической ситуации ЭДС на территории Украины за 2016 – 2017 года который позволил установить, что возбудитель инфекции циркулирует среди чувствительных животных свиноводческих хозяйств и индуцирует ЭДС, которая является трудно контролируемой и слабоуправляемой особо опасной эмерджентной заразной болезнью свиней. В 2016 год обследовано 6,5% административных районов, территориально расположенных в двенадцати из двадцати пяти областей Украины, а за 2017 год исследовано 10,8 % административных районов, расположенных на территории четырнадцати из двадцати пяти областей страны. За период с 2016 по 2017 гг. методами ИФА и ПЦР исследовано 1134 пробы сывороток крови и биологического материала отобранных от 105 сельскохозяйственных предприятий из 17,3% административных районов Украины. Установлено, что за 2016 год ЭДС зарегистрирована на территории 7 областей из 4 регионов Украины: Закарпатской, Львовской, Запорожской, Киевской, Винницкой, Днепропетровской и Черкасской, а за 2017 год инфекцию регистрировали в 2 областях: Запорожской – Южного региона и Днепропетровской – Центрального региона Украины. Результаты сиквенс-анализа РНК вируса ЭДС идентифицировали последовательность генома, которая имеет высокую степень гомологии с китайским штаммом BJ-2011-1. Установлено, что обнаруженные последовательности относятся к североамериканской клади II из группы 2 штаммов вируса ЭДС и отличаются от них по меньшей мере одной нуклеотидной заменой гена, белка домена S. На основании полученных результатов можно предположить, что в Украине вирус ЭДС мог распространиться из Восточной Азии. Виконано аналіз епізоотичної ситуації щодо ЕДС на теренах України за 2016-2017 роки, який дозволив встановити, що збудник інфекції циркулює серед чутливих тварин свиногосподарств і індукує ЕДС, яка є важкоконтрольованою і особливо небезпечною емерджентною заразною хворобою свиней. За 2016 рік обстежили 6,5 % адміністративних районів, териториально розміщенних у двадцяти з двадцятип’ти областей України. а за 2017 рік обстежели 10,8 % адміністративних районів, розташованих на території чотирнадцяти з двадцятип’ти областей держави. За період з 2016 по 2017 рр. методами ІФА та ПЛР досліджили 1134 зразків сироваток крові та біологічного матеріалу, відібраних у 105 сільскогосподарських підприємствах з 17,3 % адміністративних районів України. Встановили, что за 2016 рік ЕДС зареєстрована на территорії 7 областей з 4 регіонів України: Закарпатській, Львівській, Запорізькій, Киівський, Вінницькій, Дніпропетровській та Черкаській, а за 2017 рік інфекцію реєстрували лише у 2 областях: Запорізькій – Южного регіону та Дніпропетровській – Центрального регіону України. В результаті сіквенс-аналізу РНК вірусу ЕДС ідентифіцировали послідовності геному, котрий має високу ступінь гомології з китайским штамом BJ-2011-1. Встановлено, що виявлені послідовності відносятся до североамериканської кладі II з групи 2 штамів вірусу ЕДС і відрізняються від них однією нуклеотидною заміною в гені білка домену S. На підставі отриманих результатів можна предполагати, що в Україні циркулює вірус ЕДС з Восточної Азії. The spread of PEDV of pigs is continued in various countries and regions of the world. PED was registered firstly in several areas of Ukraine in 2014. At the present moment, there are limited numbers of publications on the characteristics of the spread of the virus infection in the Ukraine. Moreover, obtained research data do not clarify the epizootic situation as a whole. Having regard to the state of pig farm industry and permanent growth the losses caused with PEDV infection, the study of PED in Ukraine is actual and opportune. Therefore, the goal of the work was to clarify the epizootic situation of PED in the various areas of Ukraine. The study of the epizootic state of PED in pig farms with a typical course and the fulfilment a primary assessment of the genetic groups relation between identified pathogens from the distinct regions of country where determined the highest intensity of the epizootic process. The work carried out in the Biosafety center (Ukraine). To determine the epizootic situation of PED during ‎2016 - 2017 were collected the samples of the blood serum and biological materials from pigs from 105 agricultural enterprises that located in 85 administrative regions of Ukraine. In total were tested 543 serum samples and 591 samples of pathological tissues. The detection of PEDV was performed by PCR-RT. Serological diagnostics of were tested with ELISA. Sequence analysis was performed according to Sanger. The results of sequences were analyzed in the FinchTV / Chromas program. The analysis of the epizootic feature of PED in the distinct areas of Ukraine for ‎2016 - 2017 established an evident that PEDV is the main causative agent of the infection. An infection circulates among sensitive animals in pig farms and induces PED, which is difficult to control and weakly managed by a particularly dangerous emergent infectious disease of pigs. In 2016, 6.5% of administrative districts located in 12 of the 25 regions of Ukraine were included in studied number, and in 2017, 10.8% of administrative districts located in the 14 regions of the 25 regions of the country were investigated. In general, during 2016 and 2017 years the 1134 samples of blood serum and animals tissue were collected into 105 agricultural enterprises that equal 17.3% of the administrative regions of Ukraine. Obtained results showed that in 2016 PED was registered in 7 administrative districts from 4 regions of Ukraine, and in 2017 the infection was registered in 2 areas. The results of RNA sequence analysis of the PED virus identified the characteristics of the PEDV genes that reflect a high degree of homology with the Chinese strain BJ-2011-1. The analysis of obtained results developed the relation PEDV circulated in Ukraine to the strains determined in USA. Moreover, the samples of PEDV from Ukrainian pig farms have the sequences that belong to the North American clade II from the group of 2 strains of the PED virus. However, the observed in Ukraine PEDV is differ from them by at least one nucleotide replacement of the gene that codes a protein of the S domain. Based on the obtained results, it can be assumed that in Ukraine the PED virus could spread from East Asia.